수 년간의 무증상 감염시기가 지나면 원인을 알 수 없는 발열, 오한 및 식은 땀, 설사, 체중 감소 등의 증상을 경험하게 됩니다. 이 외에도 전신 무력감, 피로감, 식욕부진, 불면증 등의 증상도 생깁니다. 이러한 증상들은 대개 AIDS로 진행되기 바로 전에 나타나기 시작하는데 이를 'AIDS 관련 증후군' 혹은 초기증상이라고 부릅니다.
이것보다는 조금 빠른 시기, 즉 처음 감염되고 2~6주의 잠복기를 거친 후에는 급성HIV 증 후군이 나타나는데, 모든 감염인에게서 나타나는 것은 아니고 대개 50%정도에서 나타납니다. 이 경우에는 증후군을 보이지 않는 감염인에 비해 질병의 경과가 빠를 가능성이 있습니다.
급성 HIV 증후군에는 몸살과 같은 고열, 두통, 인두통, 근육통, 구역, 구토, 설사 등이 나타 나며 정도가 가벼운 경우부터 심한 경우까지 다양합니다. 예를 들어, 피부발진이 흔히 보이는데 전신에 홍반성 반점이나 구진이 나타나며 소양증은 없는 경우가 많습니다. 몸통이나 얼굴, 팔 등에 잘 생깁니다. 림프절 종대는 전신적으로 생기거나, 경부, 액와부, 서혜부 또는 상완골 내측 부위에 국소적으로 생기는 경우도 있습니다. 구강에 발적이나 궤양이 생기며 생식기 궤양이 나타나기도 합니다.
이러한 증상들은 HIV 에 대한 면역반응이 나타나면서, 즉 항체가 생기면서 치료를 하지 않아도 짧게는 1주 이내 길게는 3개월(평균 1~2주)이내에 저절로 소실됩니다.